No Boomscience, as pessoas sofrem um pouco pra resolver os conflitos de merge que costumam acontecer nas cenas, apelando pra solução de refazer manualmente as mudanças. Isso não é legal, e pode causar erros.
Pesquisando um pouco, achei algumas referências que sugerem que usar .tscn
como formato para as cenas é mais adequado pra uso com git e sistemas de versionamento, além de ser mais legível que o xml louco na hora de revisar as mudanças.
Enfim, é algo que acho que seria interessante ver. Alguém sabe se isso realmente ajuda nesse aspecto?